A székesegyház üvegablakai elkészültükkor nem kerültek az érdeklődés középpontjába. Ádám Iván beszámolója említette a székesegyház 1907. április 3-án kezdett restaurálását és az 1910-es októberi ünnepélyes átadását, de Waltherr Gida művéről röviden csak annyit írt: „1910-ben csinálták az új oszlopok márványozását, az ablakokat berakták színes üvegekkel, a főoltár felett elhelyezték a színes Szent Mihály képet és kifestették az egész templomot.” A Veszprémi Hírlap 1910. október 9-i száma sem szentelt több figyelmet az ablakoknak: „A Szt. Mihály képes üvegfestményét festette és égette Waltherr Gida budapesti üvegfestő. A szentély oldalfalainak csúcsíves mérőműveit és oldalfalait faragta Seenger Béla és társai (a régi minták után), az ékítményes színes ablakokat festette Waltherr Gida és pedig az egész templomban.” Waltherr Gida veszprémi munkájával csak érintőlegesen foglalkoztak, az utókornak meg sem örökítették. Az üvegablakok a II. világháborúban elpusztultak. Vázlatok, kartonok nem kerültek elő, csupán némi töredék-jellegű darab.
A jelenlegi üvegablakok nagyrésze Árkayné Sztéhló Lili üvegfestő művésznek köszönhető. A mellékoltároknál levő üvegablakok Árpád-házi Szent Margitot; Szent Istvánt;Boldog Ilona dominikánus apácát Szent Margit nevelőnőjét; Boldog Gizellát; Szent Józsefet és Szent Gellértet, Imre herceg nevelőjét ábrázolják. Az ornamentális díszű ablakok centrumában egy-egy veszprémi épület: a Főszékesegyház és a Margit-rom látható feliratokkal. A kórus fölötti körablak Szentlélek képpel látható. A szentélyben a középső üvegablakon jelenik meg Szent Mihály arkangyal alakja, ahogy kardjával legyőzi a gonoszt, rajta a „Quis ut Deus” felirat (Ki olyan, mint Isten). A szentélyben látható a Perlaki József munkája által 2008-ban elkészült egyik ólomüveg ablak is. Perlaki saját tervei alapján, a négyes osztatú ablakon az Irgalmas Jézus, a Rózsafűzér Királynője, valamint Mindszenty József bíboros és Boldog Batthyány-Strattmann László portrékat ábrázolja.
