A IV. század elejétől kezdődően lett január 6. liturgikus ünneppé és ennek szokása gyorsan elterjedt előbb keleten, majd nyugaton is. A keresztények 312–325 között kezdték ünnepelni, mint Jézus Krisztus születésének, keresztségének, a kánai menyegzőnek és a Háromkirályok (napkeleti bölcsek) látogatásának ünnepe. Az ünnep görög neve: epifánia.
A keleti egyházakban sokáig egyet jelentett a születés és az epifánia ünnepe. Jézus születése által Isten megjelent a világban. A napkeleti bölcsek által a pogányokhoz is eljutott a Megváltó születésének örömhíre.
Máté evangéliuma (Mt 2,1-12) szerint a háromkirályok a betlehemi csillag által vezéreltetve jöttek keletről Júdeába, hogy az újszülött kis Jézusnak kifejezzék hódolatukat: aranyat ajándékoztak a Királynak, tömjént az Istennek és mirhát az Embernek. Az evangélium mágusnak nevezi őket, de nevüket nem említi. A hagyomány szerint hárman voltak, a 8. században élt Beda Venerabilis nevüket is említi: Caspar, Melchior, Balthasar – azaz Gáspár, Menyhért, Boldizsár.
Az Egyház nemcsak Jézus Krisztus megkeresztelkedéséről emlékezik meg január 6-án, hanem annak hatásairól is, amelyek között a víz megszentelése is fontos helyet kap. Vízkeresztkor hagyományosan vizet szentel a szentmise elején szertartást végző püspök vagy pap. Innen származik az ünnep közismert elnevezése. Ezt a szent hagyományt őrzi a bizánci egyház is, mégpedig kettős formában. Vízszentelés ugyanis nem csupán az általában január 5-én nagy alkonyati zsolozsmával végzett Szent Bazil Liturgiája végéhez kapcsolódik, hanem a január 6-ai Szent Liturgiához is. Az előesti vízszentelés a görögkatolikus egyházban a templomokban történik, január 6-án néhány pap és a püspök a folyókhoz is kimennek, hogy megszenteljék azok vizét, ezáltal még inkább bekapcsolódva a Jézus Krisztus megkeresztelkedésekor megvalósuló eseménybe. „Ma a vizek természete megszenteltetik, és a Jordán kettészakad, s hullámainak folyását visszatartóztatja, látván a vizében keresztelkedő Üdvözítőt.” (vízszentelési sztihira).
A magyarság körében a vízkereszt ünnepéhez kötődően különböző népszokások alakultak ki a századok során, és hagyományosan ekkor kezdődik a húshagyó keddig (a nagyböjt kezdetét jelentő hamvazószerdát megelőző nap) tartó farsang is.
Vízkeresztkor kezdődik meg a házszentelések időszaka, amely a 15. századtól kialakult szokás. A házszentelés szertartása során a pap az újonnan megáldott szenteltvízzel meghinti a lakásokat, házakat; valamint megáldja a benne lakókat, dolgozókat. Szokás szerint a házszentelés után az ajtóra fölírják az évszámot és a népi értelmezés szerint a Háromkirályok nevének (Gáspár, Menyhért, Boldizsár) kezdőbetűit: 20 + G + M + B + 24. Az eredeti értelmezés szerint a három betű a latin áldásformula kezdőbetűi: Christus Mansionem Benedicat („Krisztus áldja meg e házat”).